En funktionel tilpasning er en struktur eller adfærd, der er opstået engang i en arts evolutionære historie for at hjælpe med den pågældende arts eller dens forgængeres overlevelse. En vandtæt æggeskal er for eksempel en funktionel tilpasning, der opstod blandt krybdyr som reaktion på behovet for at lægge æg i tørre udtørrende miljøer, hvor permeable æggeskaller ville være tørret ud.
Funktionelle tilpasninger er kernen i evolutionen. Strukturer, der øger sandsynligheden for overlevelse for en organisme, er stærkt begunstiget af naturlig udvælgelse, så de optræder i stadigt større antal fra generation til generation, indtil egenskaben bliver fast, og hvert medlem af befolkningen har dem. Nogle gange gør funktionelle tilpasninger overgangen fra en funktion til en anden. Et eksempel på dette er fjer. Fjer opstod under mesozoikum som en form for isolering for nogle dinosaurarter. De var funktionelle som isolering i disse arter. Med tiden ændrede formen på nogle fjer sig for at tillade flugt blandt de moderne fugles forfædre. Fjer fik således en ny funktion i løbet af fuglenes udvikling.
En gang-funktionelle tilpasninger kan miste deres funktion. Disse rudimentære tilpasninger er ikke altid ubrugelige. Den menneskelige haleben eller haleben er et eksempel på en vestigial tilpasning. Det fungerer stadig som et fastgørelsespunkt for muskler, men anses for at have stærkt formindskede funktioner fra forfædres former.
